Раньше писал на асемблере, с самопрограммированием вроде все было понятно - деректива .org потом физический адрес с которого будет распологаться дальнейший код загрузчика. Располагаешь это все в хвосте и при необходимости перезаписываешь через SPM весь основной код. Теперь перешел на С от IAR, и сразу куча вопросов - как в C указать точное физическое место расположения в памяти AVR-а, для подпрограммы (функции) загрузчика. Еще как-то в нестираемую область надо поместить функции для работы с I2C, для этого надо как-то подсчитать их размер, чтоб акуратно сложить в память. Если кто сталкивался с подобным, посоветуйте что-нибудь.
Заранее благодарен!

Распределением памяти занимается линкер.
Конкретные адреса сегментов указываются в командном файле линкера с расширением *.xcl (см. примеры и шаблоны в папке config установленного продукта).
Примеры подобных файлов и целых проектов загрузчиков можно посмотреть на сайте Атмела.
Ну и, конечно, надо почитать документацию по линкеру.

Если использовать Mega88 с полноценным загрузчиком, то вроде как есть возможность переключать две таблицы векторов прерываний, одну для основной программы, другую для загрузчика. C переключением все понятно, а вот как в IAR C создать эти две таблицы?

Я это делал как два разных проекта в одном Workspace.

А где бы взять пример на IAR C с таким загрузчиком?

Например здесь.
AVR230: DES Bootloader
AVR231: AES Bootloader