Как правильно использовать данный пин для стирания флэш памяти. Возникла проблема - после очередного эксперимента с прошивкой устройство не детектируется больше. возможно что флэш вообще слетела?

Использовать просто: подключить к VCC, включить питание. Иногда бут действительно слетает.
UPD: После ERASE нужно снова пошаманить с TST.

А сколько держать и в какой последовательности проводить все эти операции: сначала замкнуть, а потом питание подать или наоборот.

Сначала замкнуть, потом питание. Стирается быстро (~50мс, кажется).

А если ничего не происходит (я пробовал уже в обратной последовательности и так), какой может быть предварительный диагноз?

Как-то странно все - делал все тоже самое. Ничего не заводилось. Немного отдохнул, попробовал минут через 20 - девайс ожил. У кого ещё что-то подобное с данными контроллерами происходило?

Может быть, генератор плохо заводится?
SAM хорошая машинка, но с программированием Atmel немного перемудрил, как мне кажется.

странно!
у меня не стирается вообще, пробовал все возможные варианты, использую AT91SAM7S256
что может быть?