Решил перейти на разъемы molex 53047, шаг 1.25, если кто-то имел с ними дело, посоветуйте пожалуйста какие провода лучше использовать, как ведут себя сами разъемы, какие с ними сложности.

Используем давно и 53047-53048 и 53398-53261. Как ответную часть используем 51021. С разъёмами никаких проблем в работе нет, проблема может быть только с проводами. Сначала, для опытных образцов, мы покупали готовые провода с контактами от Molex у Farnell. Но стоят они очень не дёшево.
Сейчас покупаем отдельно контакты и сами зажимаем на провод. Контакты берём 50079-8100, пришлось купить специальный инструмент 638110300 - примерно 250$, если не ошибаюсь, им и работаем. Толщина провода берётся под эти контакты. Molex рекомендует 26-28 AWG, что соответствует 0.08-0.125 мм2. Но объёмы у нас всё таки не очень большие, если нужно изготовить много проводов, то это ох как муторно. Контакты маленького размера и тд. Садится студент или практикант и вперёд. Так что качество хорошее, но соответственно не дёшево.

А как насчет конкретной марки проводов?Может есть наиболее подходящие, исходя из Вашего опыта? Посоветуйте пожалуйста.

Честно говоря не знаю что и подсказать. Я нахожусь в Германии, соответственно всё, связанное с комплектацией, тут немного по другому. Знаю, что провода покупаем тоже у Farnell, потому что объёмы не очень большие, конкретно ордер код заказа 322-0862 (можете на www.farnell.ru посмотреть) для красного цвета, есть и другие цвета. Это провода 26 AWG, для 28 AWG соответственно номер 322-0588. Эти провода напоминают по свойствам МГТФ. Мне больше нравится более толстый провод (26 AWG). С тонким были пару раз проблемы - если нужно разъёмы разъединить, то приходится тянуть за провода, если их мало (2 или 3 контакта), то были случаи когда тонкие провода выскальзывали из обжатого вокруг них контакта . Но это значит, что просто провод обжали плохо. Для снятия изоляции перед обжимом контактом используется инструмент, очень похожий на 146-420 (Farnell), но купленный у другого поставщика, точно не подскажу.
В общем провод должен быть не в очень толстой изоляции, чтобы он зашёл в корпус разъёма и нужного диаметра для соответствующего контакта, вероятно только многожильный, чтобы хорошо обжимался.
Выбирать Вам.