Люди какое время таймер тратит на перезапуск после триггера по RC? В отладчике keil получается 2 такта таймера, соответственно расстояние между ипульсами на эти два такта больше чем хотелось бы\ Или это глюк кейла и таймер мгновенно перезагружается (по-моему утопия)?

Хммм... а может и я глючу. Придется осциллографом в понедельник потыкаться.

Да . Все верно. 2 такта на перезапуск.

Прошу извинить что говорю сам с собой но не могу молчать.
ОБЛАЖАЛСЯ я! Нет никаких перезагрузок, вернее они происходят мгновенно как на картинке. Просто у меня нужно было 2 такта отсчитать и я не учел что на таймеры в SAM подается половинная частота по первому входу внутреннего тактирования. То есть максиму что можно выжать при генерации частоты от таймера это (системная частота)/ 4.
Кажется все.