Попробовал переключить fuse биты на работу от внешнего кварца (16МГц), переключить получилось, подключенный светодиодик, заметно стал мигать быстрее. Потом пробовал прочитать флеш и и диод перестал мигать. Ресет МК не помогает.

Програматор читает абракадабру. Fuse биты не всегда правильно (где в 40% случаях), такое ощущение, что SPI при кварце 16МГц работает не стабильно.

Думаю, удастся установить обратно, может не с первой попытки. Однако проблема остается: МК от внешнего кварца не работает.

МК:
Atmega32, питание 5.2V

Биты конфигурировались как:
CKOPT=0, SUT0..1=11, CKSEL0..3 = 1111

Подскажите как победить.

МК умерла, ponyprog ее не видит. В инете пишут нельзя использовать команду Reset (Ctrl+T) иначе только параллельным программатором оживляется.

По-моему полный бред. Я так делал неоднократно и всё в норме.

Действительно, что-то у тебя не так... Просто практически на прошлой неделе - делал аналогичные процедуры, все ок... посмотри и перепроверь МК, может косячная...