Имеется контроллер ATmega, подключенный к USB по схеме Чешко или ObDev. Питание от 5 В USB. Нужно ли ставить на RESET контроллера какие-то подтягивающие резисторы или RC-цепочки? Имеется в виду, что при механической стыковке разъема USB неизбежно возникает дребезг питания. Кто как делает на практике (в большинстве схем RESET висит в воздухе)?

Бросать RESET в воздухе крайне нежелательно. Лучше всего поставить внешний супервизор питания. В крайнем случае, использовать внутренний + RC цепь на входе RESET, либо просто подтянуть его к питанию через резистор. Напрямую соединять RESET с питанием рискованно, да и возможность ISP не помешает. Входное напряжение нужно обязательно фильтровать через LC или RC.

У Atmel в Application Notes есть хороший документ по этому вопросу AVR042: AVR® Hardware Design Considerations