К сожалению НИКОГДА не интересовался данным вопросом. Сначала считал что Bootloader требуется только тем кристаллам, где нет FLASH. Теперь понимаю что заблуждался. Нельзя ли где-то прочитать общие положения. Чтобы улеглось в голове. А то я не совсем понимаю почему данная часть проги должна обязательно находится в спец. секторе. Почему я это не могу сделать прямо из программы. например специальной командой с компа. Почему я это не могу написать сам. Используя только алгоритм шифрования. Короче много глупых и очень простых вопросов, которые хотелось бы выяснить до начала изучения примеров как таковых.

Дело в том, что у меня сейчас rs485. И надо будет слегка потрудится.

AVR105: Power Efficient High Endurance
Parameter Storage in Flash Memory
AVR109: Self Programming
AVR230: DES Bootloader

Я с этим разбираюсь для IAR
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=18301

Слегка поправил этот варинт бутлоадера: убрал прерывания от UART, исправил адрес старта бутлоадера на 0x3800 вместо 0x1c00 (кстати не знаю почему, но только так все работает нормально). Оригинал что-то не хотел у меня работать((( Наверно из-за кривизны рук. "Новый" вариант компилировал под последнюю версию GCC AVR. Прошивал AvReal'ом. батничек для прошивки там же...
При запуске МК бутлоадер ожидает нажатия клавиши "s" на клавиатуре компьютера, и если она нажата, то выводит приглашение "BL>". Здесь есть три варианта действий:
1. Нажать "r" для запуска приложения с адреса 0.
2. Нажать "f" для прошивки FLASH.
2.1. При этом будет выведена строка Wait data...
2.2. Необходимо выбрать и отправить как простой текст, файл с кодом в формате Mototrola S-record.
2.3. По окончанию прошивки (если были ошибки при прошивки, то они отображаются) снова выводится
приглашение загрузчика.
3. Нажать "e" для прошивки EEPROM. Этот пункт пока не работает (не захотел я разбираться и мне пока это не нужно).

Если "s" не была нажата, то запускается приложение с адреса 0.

Скорость по умолчанию 19200, МК ATMega16, кварц 16Мгц.