При заливке полигонов во внутренних слоях ПП полигон "обходит" часть переходных отверстий, хотя все они принадлежать одной цепи.
В чем дело?

Файл в формате 2002го бы.
Разговор был бы более предметным...

УРА! Проблема решена.
Если у кого-нибудь возникнет аналогичная проблема, просто в Options Configure\General\Units выберете mil.

Какой у вас P-cad - версия и SP# - скажите пожалуйста !

Это шаманство. Должно быть нормально независимо от выбранной системы единиц. Максимум проблем которые встречались мне с полигонами, это при редактировании падстека переходного заливка пропадала, но достаточно было просто перезалить. Так что проблема точно не в мм/милс.

PCAD2002, SP10, но аналогичная проблема была и в PCAD2004.
Скорей всего был глюк, т.к. при заливке полигона с подходом проводников к переходным отверстиям под 90 градусов, заливалось все идеально, а при 45 - ни в какую.

Может просто при заданных параметрах зазор-дорожка было невозможно подойти к ВИА под 45о?

Неа, тут зазоры ни при чем, ведь ровно половину платы полигон заливал правильно, а другую половину - нет. Я просто не могу понять как такое возможно в принципе, даже не знаю в каком направлении искать причину появления этого глюка (чтоб в будущем не повторить).