Какой процессор выбрать, если необходимо следующее:
- Шина PCI (хост)
- Ядро желательно ARM
- Такой, чтоб был распространен, чтобы написание программ и отладка не вызывала трудностей. Чтобы в случае проблем было у кого спросить.
- Два десятка GPIO
- Память DDR
- Желательно корпус QFP

И еще, если на процессоре одна шина PCI (хост) можно ли подключить к нему несколько устройств, грубо говоря паралельно? Устройства PCI имеют прямой доступ к памяти и просто передают данные хост<->клиент?

Надо уточнять, какого профиля процессор Вам нужен: общего назначения или сигнальный. Если сигнальный, то можете обратьть внимание на BlackFin-ы от AD или процессоры от TI (TMS320C6205, TMS320C6415). При выборе обратите внимание на наличие у процессора тойлерантности к 5V синалам (шина PCI в общем случае пятивольтовая), она есть например у TMS320C6205. Иначе надо ставить ключи с согласованием уровней (например, от IDT)

Я указал ядро ARM, которое характерно для процессоров общего назначения.