Очень часто даже относительно нересурсоемкие проекты долго-долго погружаются, а потом следует ругань, что недостаточно трассировочных ресурсов или т.п. При этом в MaxPlusII все без проблем. Короче "не любит" Quartus старые семейства ПЛИС.

такое многие замечали за ним(за квартусом). потому и имеют несколько установленных версий Q4.х Q5.x или максаплюс.

У меня Quartus нормально работает с EPF10K10, EPM7032,303X.
Только лучше не открывать старые проекты MaxPlusII, а создавать новые и импортировать
Параметры из acf.. При этом, что удивительно, всё очень быстро работает. Быстрее даже чем старые проекты в MaxPlusII(как мне показалось).

А какой версией Quartus'a ты пользуешься? Может просто глючная версия?
Не знаю как с ACEX, но с APEX'ами Quartus II 6.0 нормально работает, хотя они тоже порядком устарели.
Я также заметил, что если стоят две версии Q, то их очень глючит (причем как правило более новую версию)
А MaxPlusII морально себя изжил еще пару лет назад.