неправильно генерятся файлы прошивки,на альтере патч 1.18
ftp://ftp.altera.com/outgoing/download/se..._patch_1_18.exe

Точнее говоря, там два бага - один с прошивкой, другой с назначением линий 1.2V HSTL.
По ссылке можно посмотреть их чуть долее поджробные описания :
http://www.altera.ru/#15082006_2

А вот отсюда можно слить патчи для разных осей :
http://www.altera.com/support/kdb/rd08082006_743.html

И какому человеку придет в голову не поставить галочку компрессии ? наверное только буржуям