Сделал в схематике модуль который используется несколько раз, соответсвенно при операции аннотейт оно добавляет эти самые суффиксы, в следствии чего появляются длинные имена элементов. Возможно ли убрать эти ...фиксы и сделать нумерацию сквозную, чтобы были одни цифры?

При Annotate если ва сами суфиксы не поставвили они добовляется только к модулям многократно используемым
Это и понятно они должны иметь физически разные имена.
На схеме суфиксы не показываются.
Начинают отображаться только если Вы скомпилировали весь проект целиком, и более того открыли вкладку конкретного модуля.
И это тоже правильно.
Чтобы суфиксы не отображались, просто заккройте лист со схемой модуля и опять откройте.

Успехов