Есть масс сторадж накопитель, работает как блочное устройство, ну как и все они, кто без драйверов.
Как ему узнать, сколько в нем информации. Ведь запись ведется секторами, и при удалении файлов,
на самом деле прописываются те же сектора, только в некоторых позициях нулики.
Вот вопрос, есть ли способ узнать сколько на нем информации, не анализируя FAT, NTFS и т.д.

Нельзя. Свободное пространство есть логическая функция от применяемой файловой системы. И не проанализировав ее естественно ничего не получишь.