Будет ли J-Link от IAR прошивать внешнюю флеш(например AT49BV002AT) подклучённую к AT91R40008 ?

Это зависит от программы, которая будет осуществлять прошивку а не от варианта JTAG-отладчика.
Главное, чтобы эта программа имела в своих списках и вариант JTAG-отладчика и нужную Вам Flash.

тогда такой вопрос EWARM4.11a имеет такую функцию, если да то где можно посмотреть какие ципы памяти она поддерживает, если нет, то какие программы могут это делать, спасибо.

Расскажу как я это делаю.
У меня есть две программы:
1. Flash Programmer от Macraigor Systems (где-то есть лекарство) - поддерживает разные типы процессоров и памяти, работает через Wiggler;
2. Online Flash Programmer for ARM от Embest (поставляется вместе с китом) - поддерживает разные типы процессоров и памяти, работает через Wiggler-подобный (но не совместимый) программатор-отладчик.
Я зашиваю программу во Flash одним из них (чаще вторым), а потом отлаживаюсь из EWARM 4.11a при помощи Wiggler (в Вашем случае - Ваш дивайс) не загружаясь.
Немного канительно, но как выход годится.
Есть ещё вариант - написать собственный прошивальщик по примерам из EWARM 4.11a для Philips и Analog Devices, который будет работать во взаимодействии с IAR C-SPY, но катастрофически не хватает на это времени

А можно во внешнюю флэш залить программу через USART0 ?

И не только через UART, а и через любой другой интерфейс.
Вся фишка в том, чтобы Ваш загрузчик имел как минимум два "драйвера": применяемой Flash и используемого интерфейса.
Плюс ко всему, не помешает ещё и программа со стороны компьютера, которая будет поддерживать нужный Вам протокол общения с дивайсом.