Интересную тему Вы затронули, господа. Некоторое время в СССР существовал интерес к моделированию всей вычислительной системы (ВС) в целом, делались исследовательские проекты, защищались дисертации. У нас в институте был преподаватель, который занимался в своё время моделированием персонального компьютера на вентильном уровне! Сейчас проблема моделирования ВС состоит главным образом в декомпозиции (разбивки) исходной системы на составляющие части таким образом, чтобы их можно было моделировать отдельно друг от друга. Эти отдельные части в сумме образуют иерархию ВС. Например, отдельно моделируется конвейер процессора с регистрами общего назначения (РОН) и кэш первого уровня. Затем по результатам моделирования составляется общая модель процессора (т.е. осуществляется переход на один уровень иерархии вверх) в которой уже нет конвейера, а есть только управляющие регистры и память (грубо, конечно, но смысл понятен). В качестве математического аппарата здесь широко применяются теория систем массового обслуживания (СМО) и теория графов (в частности графов Кэли). В качестве систем моделирования используется язык GPSS, а также некоторые другие языки иммитационного моделирования (как это ни странно звучит но, например, Java). Кстати, Java используется в очень неплохом пакете моделирования Ptolemy II (см. ссылку ниже), который используется как для моделирования отдельных составляющих, так и ВС в целом. Для графов вообще море как специализированных языков (ВУ-язык), так и стандартных библиотек на С/С++.
Несмотря на то, что этот топик довольно старый и его автор наверняка уже разобрался с проблемой, я всё же рискну привести список книг по теории проектирования и анализа ВС, а также по некоторым программным пакетам, которые для этого предназначены:
1. Хетагуров Я.А., Древе Ю.Г. Проектирование информационно-вычислительных комплексов: Учебник для вузов по спец. «АСУ». – М.: Высшая школа., 1987. – 280 с.: ил.
2. Овчинников В.А. Алгоритмизация комбинаторно-оптимизационных задач при проектировании ЭВМ и систем: Учеб. для вузов. – М.: Изд-во МГТУ им. Н.Э. Баумана, 2001. – 288 с.
3. Артамонов Г.Т., Тюрин В.Д. Топология сетей ЭВМ и многопроцессорных систем. – М.: Радио и связь, 1991. – 248 с.: ил.
4. Хорошевский В.Г. Инженерный анализ функционирования вычислительных машин и систем. - М.: Радио и связь, 1987. - 256 с.
5. Монахов О.Г., Монахова Э.А. Параллельные системы с распределённой памятью: структуры и организация взаимодействий. – Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2000. – 242 с.
6. Басакер Р., Саати Г. Конечные графы и сети. Пер. с англ. - М.: Наука, 1974. - 366с.
7. Касьянов В.Н., Евстигнеев В.А. Графы в программировании: обработка, визуа-лизация и применение. – СПб.: БВХ-Петербург, 2003. – 1104 с.: ил.
8. Евстигнеев В.А., Касьянов В.Н. Теория графов: алгоритмы обработки деревьев. 1994.
9. Евстигнеев В.А., Касьянов В.Н. Толковый словарь по теории графов в информатике и программировании. 1999.
10. Основы анализа систем массового обслуживания: Учеб. пособие / В.В. Афонин, С.М. Мурюмин, С.А. Федосин. – Саранск: Изд-во Мордов. ун-та, 2003. – 236 с.
11. Хинчин А.Я. Работы по математической теории массового обслуживания / Под ред. Б.В. Гнеденко. Изд. 2-е, стереотипное. – М.: Едиториал УРСС, 2004. – 240 с.
12. Головко Н.И., Катрахов В.В. Анализ систем массового обслуживания, функционирующих в случайной среде. – Владивосток: Изд-во ДВГАЭУ, 2000. – 144 с.
13. Шрайбер Т. Дж. Моделироание с использованием GPSS. - М.: Изд-во «Машиностроение», 1980.
14. Томашевский В., Жданова Е. Имитационное моделирование в среде GPSS. "Бестселлер", 2003. - 416 с.
15. Материалы сайта "Имитационное моделирование с применением языка GPSS":
http://www.gpss.ru16. Пакет программ Ptolemy II:
http://ptolemy.eecs.berkeley.edu