Делаю проект, в нем на основной плате будут рассполагатся через два одинпковых коннектора ещё две разные платы.В helpe нашел только multichannel, могу понять как сделать своё.Пояните,если кто сталкивался.

Для разных плат свой проект. Ведь "две разные платы" - это уже другое устройство, зачем все сваливать в кучу. Либо тогда все располагай на одной плате всю схему. А multichannel для повторяющихся участков схемы.

Это у меня один проект,просто он состоит из частей которые соединяются вместе в одно устройство.Скорее это multi-sheet project,сейчас ковыряю help но почему то не могу найти Design>>Synchronize Sheet Entries and Port