Уважаемые знающие подскажите возможно ли скопировать(склонировать) содержимое флеша , если микруха запаролена. Пните в нужном направлении

Нереально

Можно, если есть несколько тысяч долларов лишних. Вам сюда.
Вот еще ссылка с картинкой. Хотя там и не CPLD.

Усё понял , ставлю вопрос подругому.

устройство PCI IDE контроллер XC9572XL-VQ44 используется в комплексе с XC2S100-PQ208 + XC17S200-PD8

Возможно ли во время работы устройства слить по JTAGу проект.
XC9572XL-VQ44 содержит данные авторизации.

Теоретически можно считать прошивку XC2S100, читая bitstream при ее конфигурировании от XC17S200 при включяении питания. Но при этом вы получите только файл конфигурации и никаких исходников.
Конфигурация XC9572XL хранится в самой микросхеме и слить ее при наличии бит защиты нереально, игра не стоит свечь. Подозреваю, что XC9572XL еще управляет процессом конфигурации spartana2, выполняя преварительную авторизацию. Данная тема уже обсуждалась и реального решения не нашли.