Платка 4х слойная на ней контроллер PCI9054
Вопросы такие:
- есть внутренний слой метализации - земля так вот нужно ли отступать от краёв платы или на самом разьёме PCI или ещё где?

- особенности разводки PCI9054?

На разъеме обязательно - иначе при срезе углов, чтобы разъем входил хорошо, металлизация будет торчать и может замкнуться на контакты (например, при выпадении платы под питанием)

От края платы нужно отступить немножко. В противном случае при обреске платы метализация может сойти, закататься, налезть друг на друга.