Вот есть штырьковый разьём или DIP корпус он соединяется с Top и Bottom слоями а ещё мне нужно его подцепить на внутренний Pane слой - так вот из каких соображений выбираются размеры эти внутренних соединителей, а именно параметры (это PCAD):
Shape:
Outer Dia:
Inner Dia:
Spoke Width:

я знаю какой из параметров за что отвечает в соединителе но вот исчего исходить со значениями?

Например из технологических требований производителя (мин.дорожка/зазор на внутренних слоях, мин.поясок для внутренних слоев) и требований проекта (ток, сопротивление, паяемость и пр.).

А если ножки а если ножки расположены рядом то внутренний соединитель не должен залезать на соседнее отверсние и быть например размером с поверхностными Pad'ами?

форма и размеры падов на внешних слоях и на внутренних ни как не зависят друг от друга, кроме общего отверстия.
Только технологические требования имеют значение.