Кто-нибудь пробовал программировать мегу запитанную от 3В программатором с уровнями сигналов 5В? Будет ли после такого работать микросхема?

Буквально на днях пробовал, работает.
Хорошо при этом, если в линиях между мегой и программатором будут резисторы 470 - 1 кОм.

Усё понял, спасибо! Значит хотя бы резисторы ставить придется...

Работает такое и у меня. Но надо учесть особенности схемы программатора, чтобы в нем логика "понимала" оба уровня.
Был как-то случай у меня, что на мегу вообще питание (прямо) не приходило, но программатор все равно "шил" исправно. Когда я осциллографом проверил все уровни сигналов, которые при этом "бегали" по схеме, то долго не мог понять как такое возможно.
Конечно, это была случайность, для конкретной схемы.