Не могу понять что происходит. Есть 2 платы: на обеих стоят контроллеры АТ128. Контроллеры соединены 6 проводами. Провода предполагал использовать для организации взаимодействия. По отдельности оба контроллера нормально программируются и управляются по JTAG интерфейсу. При соединении двух плат и попытке подключить JTAG один из контроллеров полностью выходит из строя: JTAG его больше не оределяет, пишет, что устройство не определено. Попытки подключиться через интерфейс SPI так же безуспешны. Никаких глюков с питанием не обнаружил: ни бросков, ничего, со всеми остальными микросхемами ничего не происхолит.
Если кто-то может подсказать что происходит, помогите пожалуйста.

Платы соединяете при выключенном питании? Если при включенном, да еще и от разных источников питания, то вполне может быть выход из строя из-за уравнительных токов.

Контроллеры соединяются при выключенных питаниях. Но питаются они разными напряжениями через
согласующие цепи.

Питаются от гальванически развязанных источников?
Источники импульсные?
Заземлены?

Соедините вначале землю (через резистор 100 Ом) и убедитесь, что через него не течет ток (ни постоянный, ни переменный).
В цепь сигналов можно включить защитные резисторы 2-5 кОм.

Источники импульсные через линейные стабилизаторы, гальванически развязанные, заземленные.
Однако JTAGи подключены на разные машины (заземленные).

Непонятно тогда, откуда разность потенциалов берется. Но она есть, чудес не бывает.
Попробуйте ее найти, сделав как я говорил. Соедините системные блоки между собой толстым проводом под винт.

Я сам уже наелся проблем и похуже таких, сейчас один из JTAGов от Олимекса, с гальванической развязкой, специально для тяжелых полевых условий.

Не могу грешить на питание. Все проверено. Нет никаких разностей потенциалов. Все заземлено. Происходит все следующим образом: все работает, все хорошо, все подключено: платы соединены, отладчики подключены (все чертовы лампочки спокойно светятся), пока не пытаешься получить доступ к контроллеру с помощью отладчика. Вот тут то всему конец и наступает. Причем дохнет всегда только один. Второму АТ128 ничего не становится.

Какие выводы используете для межпроцессорного обмена?
Какие ещё сигналы используются между платами?

Для связи используются: PB1, PB6, PE7, PE6, PE5, PD0 - на том который дохнет, PD6, PB4, PB3, PB2, PD0, PE3 - на том который не дохнет.

Сигналы интерфейсов JTAG и ISP (равно как и другие свободные выводы) на МК, который выходит из строя, не болтаются ли в воздухе?
JTAG обычно притягивают к +5В через 1кОм.
RESET также желательно притянуть.

Допустим, хотя это был бы самый простой выход :-)
В одном из моих случаев разности потенциалов тоже не было, но устройство управляло мощными нагревателями. Помеха наводилась на сигналы JTAGа и вырубало кристалл в момент перепрограммирования или отладки. Здесь аналогичного не может быть?