Сушествует проект под большой процессор DS80c400, этот процессор программирует мелкие Cygnal-ы.
У Cygnal отдельный проект. Как подключить файлы типа HEX (с прошивкой для Cygnal ), в главный проект и разместить с определенного адреса. Чтобы не править ручками уже готовый HEX файл.

IMHO, никак.

Как вариант выхода из сложившейся ситуации для проекта на языке С

1. Конвертируем hex в bin.
2. Конвертируем bin в массив языка С с помощью WinHex
3. Вставляем полученное в текст, например, через #include

Это понятно, но хотелось бы средствами Keil-а может какие команды линковщика или еще что-нибудь.
Тот проект тоже правится время от времени и хотелось бы чтобы автоматически вносились изменения в общий проект.

Средствами самого кейла -- никак.
Линкер работает с объектными файлами, других он не понимает.
Поэтому простым решением будет сделать автоматическую генерацию Си-исходника из вашего бинарника при помощи небольшого скриптика или batch-файла по аналогии как описано здесь:
http://onembedding.com/tools/keil/articles/ext-translator/

Утилиту для конвертации бинарника в си-файл можно взять здесь:
http://www.onembedding.com/tools/python/code/bin2c.htm

В принципе можно тоже самое делать и из hex-файла при помощи моей библиотеки IntelHex http://www.onembedding.com/tools/python/code/intelhex.htm.