Нужно передать по GEthernet несколько коротких пакетов, device работает в основном на прием, передача в ответ - пара сообщений, имею FPGA и трансивер, с GMII. Опасаюсь, что даные с неправильным FCS писюк выкинет в МАС уровне.

Скорее всего не выкинет - Windows по крайне мере не реагирует на плохую CRC-32. Тут скорее надо подкручивать драйвер сетевой карты которая будет принимать эти пакеты, т.е. в ней выключить проверку контрольной суммы.

По какому полиному считается FCS?
Могу подбросить VHDL-программку.