#include<io2313.h>
#include<avr_macros.h>                  //Зачем? Все равно в программе не используется
#include<iomacro.h>
#include<intrinsics.h>

unsigned int pol;                               //Почему бы хоть здесь не инициализировать?
unsigned char sampl, interval;

__regvar __no_init char flags @15;
#define set_polar     flags|=(1<<0)    
#define clr_polar     flags&=~(1<<0)


void pausa (unsigned long int p)       //А используется с разными типами аргументов. Компилятор молчит?
{
  while (p>0)
    p--;
}
#pragma vector=TIMER1_COMP1_vect
__interrupt void MyInterrupt (void)
{                                                   //А статус не сохраняете?
  if(flags & (1 << 0))
  {
  PORTD_Bit2=0;
  pausa(0x10);
  PORTD_Bit0=0;pausa(pol);PORTD_Bit0=1;
  pausa(0x15);
  PORTD_Bit2;                                //Я не знал, что так можно. Но для чтения непонятно
  pausa(interval);
  PORTD_Bit3=0;pausa(sampl);PORTD_Bit3=1;
  clr_polar;
  }
  else
  {
   PORTD_Bit2=0;pausa(0x10);
   PORTD_Bit1=0;pausa(pol);PORTD_Bit1=1;
   pausa(0x15);
   PORTD_Bit2=1;
   pausa(interval);
   PORTD_Bit4=0;pausa(sampl);PORTD_Bit4=1;
   set_polar;
  }
  return;                                          //А это зачем?
}
int main( void )
{
  PORTD=0xFF;
  DDRD=0xFF;
  OCR1=0x6420;
  TIMSK=0x40;
  TCCR1B=0x09;
  
  __enable_interrupt();  
  while(1)
  {
    
  }

}