Облазил все возможные настройки подсветки, на как настроить подсветку цепей, чтобы высвечивал цепь целиком а не пунктирами не нашел. Направьте пожалуйста в нужном направлении, please.

Подсветка (Display-Highlight либо соответствующая пиктограмма) цепи будет зависеть от цвета слоя в котором тянешь линию и выбранных цветов параметра Display-Color Visibility-Display-Temporay Highlight/Permanent Highlight (один отвечает за подсветку выбранного активного в данный момент объекта, а другой за цвет выбранных ранее). Она всегда будет полосатой, чтобы сохранить принадлежность слою.

OK.
Есть еще одно не удобство: когда выделяю компонент или цепь в ConceptHDL, то он высвечивается в Alergo. Если снять выделение объекта в ConceptHDL, то в Alergo выделение объекта не снимается. Надо делать dehilight, неудобно однако. Как сделать так, чтобы выделение объекта пропадало?, подскажите please.
Если выделять цепи непосредственно в Alegro, то хотелось бы чтобы при выделении следующего объекта предыдущий гас, но этого не происходить. Наверное какие-то доп-е настройки надо установить? как быть в данной ситуации?

По первому, если у Вас связаны Concept и Allegro, то при выборе объекта в схематике он отображается и в трассировщике, а гаснуть выбранные ранее будут только если в трассировщике в этот момент будет активна команда Display/Element(F5).

Второе, если Вы подсвечиваете опять же через Display/Element(F5), то все предидущее гаснет (для временной подсветки Highlight не используется)