1) отключаю PIO от пинов TIOA0, TIOB0 (это вообще нужно?)
2) выбираю пин TIOB в качестве внешнего перезапуска
3) выбираю фронт для по которому будет загружаться значение в регистра RA/RB
Перезапуск по фронтам с внешнего пина происходит нормально, а вот загрузка счетчика в RA/RB не проходит

Вот инит
Код
AT91F_TC_Open(AT91C_BASE_TC0,TC_CLKS_MCK1024 | AT91C_TC_LDRB | AT91C_TC_LDRA | AT91C_TC_ETRGEDG_RISING ,AT91C_ID_TC0);
void AT91F_TC_Open ( AT91PS_TC TC_pt, unsigned int Mode, unsigned int TimerId)
{
unsigned int dummy;
AT91C_BASE_PIOB->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB24;
AT91C_BASE_PIOB->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB23;
AT91C_BASE_PIOA->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB24;
AT91C_BASE_PIOA->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB23;
//* First, enable the clock of the TIMER
AT91F_PMC_EnablePeriphClock ( AT91C_BASE_PMC, 1<< TimerId );
//* Disable the clock and the interrupts
TC_pt->TC_CCR = AT91C_TC_CLKDIS;
TC_pt->TC_IDR = 0xFFFFFFFF;
//* Clear status bit
dummy = TC_pt->TC_SR;
//* Suppress warning variable "dummy" was set but never used
dummy = dummy;
//* Set the Mode of the Timer Counter
TC_pt->TC_CMR = Mode;
//* Enable the clock
TC_pt->TC_CCR = AT91C_TC_CLKEN;
}
void AT91F_TC_Open ( AT91PS_TC TC_pt, unsigned int Mode, unsigned int TimerId)
{
unsigned int dummy;
AT91C_BASE_PIOB->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB24;
AT91C_BASE_PIOB->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB23;
AT91C_BASE_PIOA->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB24;
AT91C_BASE_PIOA->PIO_PDR = AT91C_PIO_PB23;
//* First, enable the clock of the TIMER
AT91F_PMC_EnablePeriphClock ( AT91C_BASE_PMC, 1<< TimerId );
//* Disable the clock and the interrupts
TC_pt->TC_CCR = AT91C_TC_CLKDIS;
TC_pt->TC_IDR = 0xFFFFFFFF;
//* Clear status bit
dummy = TC_pt->TC_SR;
//* Suppress warning variable "dummy" was set but never used
dummy = dummy;
//* Set the Mode of the Timer Counter
TC_pt->TC_CMR = Mode;
//* Enable the clock
TC_pt->TC_CCR = AT91C_TC_CLKEN;
}
ЗЫ как воротит от доки атмеля, будь то телефонный справочник читаешь