вобщем ситуация: AVR(MEGA1280(SPI и ISP имеют общие ноги) общается с плис (MAX II) по SPI, AVR мастер. питание соответственно 5в и 3.3в + конвертор уровней QS3861,а у него со стороны 5в девайсов подтягивающие резисторы 500 ом (если нужен прием и передача, только на передачу не надо), соответственно он на линии miso.

Внимание вопрос ! ЧТО СКАЖЕТ ПРОГРАММАТОР ? на это резистор

ИМХО программатор скажет "все нормально". Для программатора пин MISO МК - это источник данных, и, с этим резистором он, теоретически, должен выдавать "правильный" сигнал...