Посоветуйте, какой программкой с помощью программатора AS2M переустановить внутренние FUSE в процессоре ATmega162. Может есть и другие варианты, но желательно по SPI.

Ну так если у вас этот программатор то его программой и переустанввливайте
Закладка НАСТРОЙКИ/LOCK_FUSE биты