http://www.xilinx.com/xlnx/xebiz/utils/ima...SPAR3A-SK-UNI-G
Под что такие разъемы с верху и с низу чипа?

Очень похоже на киты от AVNET, на которых тоже есть по паре разъемов для стыковки китов между собой с целью расширения их функциональности и создания мультиплисовых проектов.
Описание того, что выведено на эти разъемы должно быть в руководстве пользователя на кит.

Видел такие разъемы на материнках для спарков, для внешних модулей периферии. Где-то pdf ник был на них. Найду, кину.

Разъемы ИМХО для подключения мезонинных плат собственной разработки с целью отладки различных решений или продаются различные платы расштрения для данного KITa (обычно в datasheete об этом пишут). Разъемы очень похожи на разъемы фирмы Samtec www.samtec.com. Конструктив (расположение и вид ключей, а также контактов) и сам материал (цвет особенно) похож на их изделие. Применяю их разъемы в собственном проекте, оказались так себе по надежности - ответная часть к ним трескается по середине вдоль разъема, в результате пропадает контакт. Не рекомендую. Максимальное число сочленений/расчленений 50-100.

Действительно похоже на SAMTECH.
Похожие установлены на киты ADI Blackfin.
Про проблемы с тресканьем не знаю. 'Flanker' - возможно
у Вас проблемы с установочными размерами ответных частей?
Кстати,удалось от них получить сэмплы. Пробуйте....
Успехов!