PCAD по умолчанию ставит двоеточие, как сделать чтоб ставил точку???

Никак. Привыкнуть к тому, как есть.

Ручками скрыть RefDes, ручками текстом его приписать с точкой вместо двоеточия.

Особенно весело станет, если прописать ручками в схеме, а потом сделать Swap Gate в РСВ и вернуть это дело в схему... И так для пары десятков корпусов... Легче привыкнуть.

Не надо привыкать. Надо сделать это нормой. Для этого делается решение об отступлении от ГОСТа номер такой-то п. такой-то, в связи с ограничениями применяемого программного обеспечения, на качестве продукции не отражается. И подписывается директором или гл.инженером, а в графе "согласовано" с нач. отдела качества.
Потом копия относится в отдел нормоконтроля и все.

А если у вас нет нормоконтроля, то не парьте себе и людям мозги по пустякам.