>Если я вас понял, то что нарисовано в TOPMASK, будет выглядеть как "окно" в защитном покрытии
Да, именно так. Та не будет защитного покрытия.
>Значит не нужно наносить полигонов на ПП.
>Изготовитель ПП сам разберётся с нанесением красок\лаков ?
А зачем наносить? В PCAD есть два способа открыть контактную площадку.
1. В свойставах pad указываете принудительно размеры контактной площадки в слоях Top и Bottom Mask.
2. В PCAD PCB в Options-Configure-Manufacturing есть параметр Solder Mask Swell в миллиметрах. Это значение на которое откроется маска для контактных площадок у которых принудительно не заданы слои Mask (смотри пункт 1

P.S. Полигон можно/нужно класть если надо открыть произвольную область на ПП.
P.S.S. Выведите один раз слои Top и TopMask в гербер, откройте CAM'ом и все станет понятно.