имхо, стоит в опции линковщика копать - там это должно быть..
хотя сам pjt-файл от CCS3.1 тоже наводит на мысли о возможности разных *.cmd :
Код
; Code Composer Project File, Version 2.0 (do not modify or remove this line)
[Project Settings]
ProjectDir="D:\PROJ\2006\DSP\g729_ab\trunk\ccs\"
ProjectType=Executable
CPUFamily=TMS320C55XX
...
[Source Files]
...
Source="..\src\util.c"
Source="modeling5502.cmd"
...
["Linker" Settings: "Debug"]
Options=-c -m".\coder_d\coder.map" -o".\coder_d\coder.out" -x -l"rts55x.lib"
["Linker" Settings: "Release"]
Options=-c -m".\coder_r\coder.map" -o".\coder_r\coder.out" -w -x -l"rts55.lib"
["modeling5502.cmd" Settings: "Debug"]
LinkOrder=1
["modeling5502.cmd" Settings: "Release"]
LinkOrder=1
наверное стоит поэкспериментировать с двумя *.cmd в [Source Files] и указанием нужного в конце файла проекта.