У меня на младших разрядах IDE сидит индикатор LCD, после обращения к IDE - считываю регистр STATUS - отображаю его в шестнадцатиричном виде на LCD. На экране получается билеберда, должны отображаться символы с кожами не ниже 30h и не выше 4Fh, а уменя один из сиволов FFh - заполненное поле. Я подозреваю, что шина IDE не становится в третье состояние, хотя на осциллографе явно виден сигнал CS0, остальные управляющие в единице; либо IDE не усевает.
Может кто подскажет, в чем дело, уже голову сломал.

Тайминги проверяй. FFh - значит шина как раз в третьем состоянии. Либо накопитель не успел отработать команду чтения регистра (короткий IORn или недостаточный интервал между командами или мал промежуток между выдачей адреса и команды чтения или...), либо данные защелкнул раньше времени, либо опоздал с защелкиванием. Да, при чтении регистра надо проверять сигнал готовности данных, иначе тоже можно промахнуться.
Тайминги лучше брать из расчета PIO-0, если накопитель принудительно не переводится в другой режим (хотя современные винты, как правило, по дефолту находятся в PIO-2, лучше перестраховаться).
... Кста, "остальные в единице" - это как? А IORn???

остальные - это adro-2 и cs1

если явных ляпов в логике нет, остается только сверяться с требованиями спец-ии ATA/ATAPI. Больше тут подсказать нечего.

Это точно. Проверяй программу, разводку и т. п.