Сделал в схеме ренумбер элементов, сгенерил нетлисты схемы и платы с помощью NetSync получил eco-файл, загрузил его в PCB, в итоге получил, что некоторые конденсаторы стоят не там где нужно, то бишь не возле тех элементов как по схеме. Пришлось в ручную перебивать рефдесы. Может кто объяснит в чем прикол.

Я бы на Вашем месте вместо использования NetSync записал бы ECO в самом схематике после ренумбера.

По существу вопроса - скорее всего, если в ECO не было команд удаления и добавления компонентов, элементы на плате так и стояли (то бишь не у тех элементов, как на схеме).