При работе с wigler'ом у контроллера lpc2106 не работают линии p0.17-p0.31.
Может кто знает в чём дело?

Про ноги p0.17-p0.21 всё понятно...туда подключен wigler. Но что тогда с ногами p0.22-p031?

Это описано в руководстве пользователя (User Manual), раздел "EMBEDDED ICE LOGIC".
Прочие нюансы можно почерпнуть отсюда.

Благодарю за подсказку. Я так и думал, что у меня всё в порядке...Хотя странно зачем так сделали...Пока не понимаю.

Если это вызывает трудности, возьмите LPC2129, тоже не слишком навороченный, но портов боьше, от jtag в стороне.