Доброго времени суток!
Видел ли кто-нибудь примеры реализации самопрограммирования flash mega 128 на WinAVR и возможно ли это в принципе?

Странные вопросы.. полно их в инете, ключевое слово boot loader, в крайнем случае можно портировать с IARa, а под иар на сайте атмеля есть , например AVR109...