Сейчас с USB работаю по libusb с соответствующим дивайсом.
Есть желание разобраться в двух вопросах:
1. Что нужно сделать, что бы Windows «видел» мою AVR-ку, подключённую к USB как COM порт?
2. Что нужно сделать, что бы Windows «видел» мою AVR-ку, подключённую к USB как стандартный диск с файлом (файлами)?

Интересует любая информация, документация, исходники по этой теме. Направьте пожалуйста.
По второму вопросу Nanobyte когда-то мне ответил, что нужно реализовать протокол "Mass storage device". Ссылку на описание дайте пожалуйста.

А по первому вопросу надо реализовать протокол CDC - Communication Device Class
Все последние описания на www.usb.org.
Для AVR CDC уже реализован http://www.recursion.jp/avrcdc/
Ну и сюда посоветую периодически заходить http://www.obdev.at/products/avrusb/projects.html

Спасибо. Посмотрю.
А где теорию почитать?

ВСЯ теория на usb.org или в книгах про USB.