В PCAD имеется utils renumber, который позволяет перенумеровывать элементы принципиальной схемы справа налево или сверху вниз. А есть в PADS logic такая команда?

Автоматической команды перенумерации нет. PADS присваивает RefDes-ы по-порядку возрастания.
Если требуется перенумеровать элементы - воспользуйтесь скриптом, или поищите платную утилиту.
Аналогичная тема - http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=24385