Какой то глюк.
C M88 всё прекрасно работало. Поставили M48, - наблюдается такой финт. Входит в режим DW ч/з SPI и в режиме DW не отзывается. (а соответственно вернуть её в SPIEN не возможно). Пробовал уже с двумя изделиями.

AVRSTUDIO 4.12SP2 Bild472

Я лично работал и с Mega48, и с Mega88, и c Mega168, всё везде отлаживается, хотя не без глюков. Честно, иногда это похоже на шаманство:

не с первого раза отключается/включается dwenable, после отключения режима отладки приходится перезапускать студию (иногда), чтобы изменения вступили в силу. Особенно, если контакты в разъёме SPI не совсем хорошие . Главное - студия не очень чётко работает с этими делами, если ошибки происходят, не всегда правильно определяются. Да и сам JtagIce зависает иногда...
Если совсем не отзывается - проверяйте RESET, нет ли там кондёров, смотрите осциллом, что происходит. Если сброс притягивается к земле, но передачи данных нет, значит, что контроллер вообще в режиме SPI программирования. Проверяйте и контакты...

а есть возможность дернуть питание только на меге?
бо ресет при DWEN=0 дебильно работает
бывало чуть дотронешься до вывода и камень где в облаках летает ни туда ни сюда...
наверное какие то особенности входа в режим отладки..
у меня что то подобное было когда фуз биты были зашиты на самое долгле время старта...