Использую IAR.
Написал программу, залил для отладки во Flash, все шло нормально, смотрел регистры, память и прочее.
(PLL не использовался)

После исправления обнаруженных неточностей Flash заливаться категорически отказывается.
В окне Log отопражается следующее:

Fri Feb 16 11:06:20 2007: Auto JTAG speed: 2666 kHz
Fri Feb 16 11:06:20 2007: Found unique position in JTAG chain of ARM chip: DRPre = 1, IRPre = 5
Fri Feb 16 11:06:20 2007: Using DBGRQ to halt CPU
Fri Feb 16 11:06:20 2007: Resetting TRST in order to halt CPU
Fri Feb 16 11:06:20 2007: CP15.0.0: 0x41259660: ARM, Architecure 5TE
Fri Feb 16 11:06:20 2007: J-Link: ARM9, 966 core
Fri Feb 16 11:06:20 2007: 6060 bytes downloaded and verified (2.27 Kbytes/sec)

Fri Feb 16 11:06:20 2007: Warning: Target inconsistency detected at Memory address 0x04001400
................................................................................
..............................................................
................................................................................
..............................................................
Fri Feb 16 11:06:20 2007: Warning: Target inconsistency detected at Memory address 0x0400131C

Fri Feb 16 11:06:20 2007: There were warnings during download of FLASH loader, see Log Window
Fri Feb 16 11:06:22 2007: Failed to load flash loader: C:\Program Files\IAR Systems\Embedded Workbench 4.0 Evaluation\ARM\config\flashloader\ST\FlashSTR91x.d79

Очень странно?!?!
При установке J-Tag speed 1000 kHz все получилось.

Да бывает такое с j-link ом