Хочу подключить МК к комьютеру через ЮСБи, но не знаю как это сделать, помогите разобраться.
Что посоветуете прочитать? Может есть какие нибудь толковые книги?

По моему, проще всего начать с микросхемы FT245B фирмы FTDI Ltd. (вот ссылка). Эта микросхема представляет собой просто байтный порт с ногами записи/считывания (8-битный порт данных присоединяется к одному порту ATmega, а сигналы записи/считывания к двум ножкам другого порта). Для первоначального "прощупывания" USB - самое то.

Ну а потом - вэлком на фирму Сайпресс :-)

или FT232R той же фирмы. это переход из USB в RS232 TTL уровня.
проще некуда. объединить RX и TX микросхем и все.

Еще можно попробовать микросхему мост фирмы
Silabs CP2103

подключается к ногам процессора Rx и Tx, легко собирается и сразу работает
собирал и отдельный шнурок, чтоб не паять на каждую плату

работал на скорости 921600 бод и с АТМегами и с контроллерами от самих Silabs

Я начинал осваивание USB с микросхемы ISP1181A от PHILIPS + ATMEGA64
Очень хорошая микросхема:
легко управляется
оптимизирована для работы по прерываниям

Стимулируе на более глубокое изучение и понимание процессов,
которые происходят на шине USB

Хотя после создания законченного устройства
на основе этой микросхемы понял - лучше иметь
USB на борту
Поэтому советовал-бы смотреть в сторону AT90USB646/647
(тот-же АВР но с USB, причём 647 имеет на борту хост-контроллер)
или ARM со встроенным аппаратным USB.

И ещё забыл по поводу литературы
Во многом мне помог Агуров "Интерфейс USB: практика использования и программирования"
небольшая книжечка "USB in nutshell. Making sense of the USB standart"
и конечноже спецификация самой шины