Не совсем понятно, чем отличаются обычные полигоны в PCAD2002 от полигонов Cu pour кроме как способом заливки?
А заодно вопрос - какова смысловая и функциональная нагрузка термина комнаты(room)?

Обычные полигоны - это как правило неэлектрические полигоны, хотя и у них при известном умении можно ввести свойство подключения к цепи. Cu Pour - это и есть "правильный" полигон, т.е. который подключается к каой-либо цепи.

А вообще-то этот вопрос уже обсуждался вот здесь. Старайтесь всё-таки пользоваться поиском.

По поводу предыдущего ответа все верно, единственно добавлю, что полгигоном на сигнальном слое можно объединить две цепи, например GND и AGND, и это единственный способ.
Room это специально выделенный участок платы со своими правилами трассировки и своими (отличающимися от всей остальной платы) технологическими параметрами.
Например вся плата цифровая, а в Room аналоговая часть, но по моему этим мало кто пользуется "водят" в основном руками, если ответственный проект.