Дважды столкнулся с такой ошибкой: в почти готовом проекте в схеме был заменен компонент. После этого провел упаковку и запустил прямую аннотацию. Аннотация проходит до момента, когда начинается загрузка (loading... в нижнем левом углу экрана) после этого выдается сообщение об ошибке:

Expedition PCB
---------------------------
The application has encountered an unrecoverable error... Do you want to attempt to Save the design?
---------------------------

Если сохранить проект, то теряются все проводники.
После этого прямая аннотация всегда заканчивается такой ошибкой.

После удаления всей папки PCB и создания новой PCB, прямая аннотация проходит нормально.

Может есть какие то рекомендации, как выйти из такого положения?

1. Т.к. пока с такими симптомами я не встречался, нужен тестовый проект с проблемой.
2. Зачем удалять всю папку, восстановление из папки BackupDatabase что не помогает?

Восстановление не помогает. Дело в том, что проблема возникла, скорее всего давно, но никак не проявлялась до тех пор,пока не потребовалась упаковка нового компонента.