Только тапками не в меня кидайте сразу, пожалуйста.
DC-DC конвертер сделан по двухтактной схеме с выводом от средней точки. Входное напряженеи 10-20В, выход 12В 3А. Сердечник для трансформатора К20Х12Х6. Первичка получается 10 витков (в каждой секции), вторичка 15 витков. Хочется всё это намотать проводом МГТФ 0.15. Как лучше обмотки расположить?

Первичку мотать параллельно в два провода, равномерно распределяя по окружности кольца. После намотки соединить К1 с Н2 - это будет средняя точка.
Вторичку мотать поверх первички, так же равномерно распределяя витки по всему кольцу.

ИМХО - для сечения провода 0,15 типоразмер кольца великоват. И явно мало сечение меди для тока 3 ампера.

Чего под руками есть из того и делаю. Мотать всёравно в несколько проводов придётся. Я тут подумал, что если намотать все обмотки сразу, а потом только концы разобрать как надо?

Не думаю, что это хорошая идея.
А вот насчет нескольких жил в параллель, это нормально, и часто применяется.

P.S. Меняю МГТФ 0,35-0,5 на более тонкий (0,15).

Я делал примерно то же самое, только вход 12В, выход - 20В 2А. Первичка была 7 витков, вторичка - 14, на примерно такой же сердечник (импортный). Мотал так, как пишет Валентиныч, сначала в два провода первичку, потом соединяем конец первой обмотки с началом второй. По верх нее вторичку таким же способом. Я мотал проводом 0.7 в лаковой изоляции (ферит со шлифованными углами и покрыд эпоксидкой).