Купил оценочную плату AS-sam7S64.
На плате установлен фильтр PLL: 1nF,1K5,10nF.
Скачал программу расчета фильтра с Atmel
ATMEL_PLL_LFT_Filter_CALCULATOR_AT91_2v5.xls
Так в ней для
Fin=18.432 МГц
DIV = 11
MUL = 72
Fn = 20 кГц
величины сопротивлений и емкостей получаются совсем другими.
Развел плату запаял элементы, рассчитанные программой - все работает.

Отсюда вопрос:
А вообще параметры фильтра на что-нибудь влияют?
Кто знает, ответьте?

На сколько я понял, эти параметры, в разумных пределах, никак не влияют. Я лично использую1К5+1н+10н - проблем небыло ниразу. Удачи.

1)на скорость и устойчивость захвата PLL
2)на самом деле частота генератора с ФАПЧ не постоянна, а "гуляет" вокруг центральной. Фильтр влияет на частоту и девиацию этих "гуляний".
Но в большинстве применений МК эти параметры не важны - добились устойчивого захвата, и чудненько.

Там одного кондера достаточно между PLLRC и землей. 1-10nf и порядок.