Как думал проверить работоспособность Avalon Slave устройства:
1) Заливаю прошивку в FPGA по JTAG
2) Запускаю отладчик из-под Eclipse
3) Смотрю по Signal Tap II сигнальчики
И тут пришли они - грабли! Надо сначала отключить терминал, а, соответственно, и отладчик gdb, чтобы иметь возможность пользоваться Signal Tap II. Или я что-то не так делаю?

Да, грабли. Но есть маленькое послабление. Отключать не обязательно, мне удавалось запустить программу, после этого переинициировать SignalTap и посмотреть сигналы.

Для отладки совместно с SignalTapII попробуйте Codelab для отладки лежит в закромах
или его аналог EDGE IDE от mentor
edge
EDGE IDE работает шустрее чем Eclipse, но нет таблетки

Мдя... на Edge цена укусилась. Тоже, кстати, RCP-based (Eclipse).
А каким образом она подключается к целевой платформе? Com-порт или что-то еще?
А про codelab ничего не нагуглил

так дают скачать edge evaluation version, а лицензию высылают
codelab лежит на ftp(+аспирин к нему), гуглить бесмысленно старый продукт, вроде как предок Edge
забыл про это сказать.