Скачал демку бетасофт- а она только свои примеры считает
Как это вылечить? Может есть другие свободные программы?

Надо прикинуть температуру платы 55х40мм
и 5 тепловыделяющих элементов с суммарной мощностью 1200 мвт.

Что посоветуете?

Столкнулся с похожей задачей. Плата маленькая и много мощных элементов, а увеличивать многослойную плату больше чем надо - не выгодно. Нашел от ANSYS программу ICEBOARD. Программу скачал, но пока не могу вылечить ее. Судя по демке, тоже приличная програмка. Возможности впечатлили. Попробуйте поискать ее.