Нужно отслеживать работу софта c СОМ-портом используя Terminal (как в IAR) при моделировании. Есть ли такая возможность в AVR Studio или как то можно ее встроить ?

нужно зафиксировать выдаваемые программой через UART данные, и сохранить их потом куда нить в файл. вот. как бы это сделать в AVR Studio ?

Стандартной возможности нет. Можно в инете поискать плагин к АВРСтудио (хотя кроме AVRAssembler, GCC, LCD visualizer и STK я больше плагинов не встречал). Как вариант могу продложить:
1. параллельно с выводом в UDR выводить данные в какой-либо порт, для которого включен loggin в файл
или
2. сохранять данные в SRAM или внешнюю RAM, а потом их уже вручную сохранять в файл (Debug - up/download memmory)

а как его включить?

Есть плагин для AVRStudio http://www.helmix.at/hapsim

Возможно, уже не актуально, но:
В режиме отладки Debug - AVR Simulator Options (Alt+O) - Stimuli and loggin.
Stimuli - это то, что подается на порт извне в процессе выполнения программы.
Loggin - это лог того, что выводится на порт.

Спасибо. Все предложенные варианты подходят )