Почему при входе в прерывание FIQ происходит следующее-
1. обнуляется SP
2. выполняется команда SUB SP,SP,#0x4
после этого в SP - 0xFFFFFFFC

как с этим бороться?

стартап родной, иаровский, но я в нем не вижу инициализации стека для fiq, есть только для irq.

"Родным" может быть только Ваш. Вот его и напишите по образу и подобию. Естественно имя сегмента и размеры стека линкеру тоже не забудьте указать.

спасибо, уже понял не было там fiq стека, вот и проблемы...