Для AtMega128.
Возможно вопрос уже подымался - нужно при пропадании внешних прерываний перейти на генерацию внутренних от своего таймера. М.б. где-нибудь лежат примеры.

В каждом внешнем прерывании взводишь таймер на тайм-аут, немного превышающий обычный период внешней синхронизации и и сбрасываешь флаг переполнения таймера. Как только такой таймаут случится, пойдут прерывания по таймеру, которые должны будут выполнять ту же работу, что и внешние прерывания. По возобновлению внешней синхронизации все продолжает работать штатно